Uitvoer bekijken met GaussView

Na het `submitten' van een job ziet men Gaussian-98 aan het werk. Een venster wordt geopend waarin je de nogal rommelige Gaussian output langs ziet gaan. Op de onderrand van dit venster wordt verteld welk deel van Gaussian op dat moment uitgevoerd wordt. Afhankelijk van de gekozen benadering, de AO basis en de snelheid van de PC moet je korter of langer wachten tot de berekening afgerond is. Als deze klaar is heb je een .log file en een checkpoint file (.chk) file. Deze laatste staat in de subdirectory gespecificeerd in de link0 sectie van het .gjf file. GaussView kan nu de volgende dingen visualiseren:

• Geoptimaliseerde molecuulstructuren
• Molecular orbitals (MOs)
• Electron ladingsdichtheden
• Electrostatische potentialen (ESPs)
• Animatie van normaalvibraties

Na het afronden van de berekening vraagt GaussView `Would you like to open a result file?' Na ja klikken zie je het molecuul weer grafisch weergegeven in een nieuw view venster. Als de berekening geen bindingsafstanden of hoeken geoptimaliseerd heeft zie je dezelfde molecuulstructuur als in de invoer. Met de Inquire button in de builder dialog box kan je afstanden opmeten en aldus nameten dat het uitvoer- en invoer-molecuul identiek zijn.

Alle benodigde informatie voor het visualiseren van MOs, electron ladingsdichtheden en ESPs staat in het checkpoint file. Deze informatie moet eerst in een 3-dimensionaal grid (raster) gezet worden. Gaussian noemt dit 3D grid een `cube'. GaussView geeft de mogelijkheid een cube file (extensie .cub) te genereren. Open eerst het checkpoint file (in het commando-menu: File $\rightarrow$ Open $\rightarrow$ Show File Type .chk). Ga dan naar results in het commando-menu en kies surfaces. Het volgende dialoog venster wordt geopend:

Klik generate, een nieuw venster wordt geopend, kies Molecular Orbital, Total Density, of ESP, en wacht tot het .cub file gemaakt is (Als je een fijn grid kiest moet je lang wachten!). Kies dan apply in het bovenstaande dialoog venster. Een view venster wordt geopend met daarin de grafische voorstelling van de MO, totale dichtheid, of electrostatische potentiaal. Door de muis in het venster te slepen kan je de voorstelling draaien en van alle kanten bekijken. Zie de eerder gegeven tabel met muisfuncties om te zien hoe gedraaid kan worden.