GaussView invoer

Na openen van het programma GaussView ontstaan 3 vensters:

1.

Het commando-menu.

2.

De builder dialog box - hier beneden gegeven.

3.

Een tekenvenster (de `Work Area', een view venster).

De builder dialog box heeft als belangrijk onderdeel de Active Fragment Button, de grote knop in het midden, die in het voorbeeld CH₄ (methaan) als actief fragment bevat. Als je nu in het tekenscherm met de linker muisknop klikt wordt het actieve fragment ingevoerd. Meerdere keren klikken geeft meerdere keren methaan in het tekenvenster. Klikken op de actieve fragment knop zelf geeft een keus uit andere fragmenten die koolstof en waterstof bevatten. Klikken op de knop Element opent een periodiek systeem waaruit men een keus kan maken. Deze keuze gaat naar de active fragment button, van waaruit het naar het tekenvenster gebracht kan worden met één muisklik. Op deze manier kan een molecuul getekend worden.

De muis in GaussView.

Muis knop	Actie	Functie
Links	Klik	Kies of voer in
	Shift+klik	Voeg toe aan selectie
	Sleep1 naar links en rechts	Roteer rond y-as2
	Sleep omhoog en omlaag	Roteer rond x-as
Shift+links	Sleep	Verschuif molecuul
Rechts	Sleep links-rechts	Roteer rond z-as
	Sleep omhoog-omlaag	Zoom in en uit

¹ Slepen is ingedrukt houden tijdens bewegen van muis.

² De z-as staat loodrecht op het scherm; de y-as ligt verticaal in het scherm; de x-as ligt horizontaal in het scherm. NB. Het ingedrukt houden van de de alt-toets beperkt de muisacties tot het dichtst bijzijnde fragment.

Als de tekening klaar is kan dit file gesaved worden als een .gjf file. Klik File in het commando-menu en kies save. Een typisch MS-windows venster opent zich waarin je de filenaam in moet vullen. Kies een goede naam. Een .gjf file met deze naam wordt aangemaakt. Dit ascii file bevat de invoer van het soort dat boven besproken is. De gekozen naam wordt voortaan in alle view vensters op de bovenrand getoond. Verdere files die Gaussian-98 aanmaakt krijgen ook deze naam.

Om nu Gaussian-98 op te starten moet je in het commando-menu calculate aanklikken en Gaussian kiezen. We krijgen dan het Gaussian Calculation Setup window:

De button Submit start de Gaussian berekening (in de figuur: de grondtoestands-energie van het getekende molecuul in de Hartree-Fock benadering met de 3-21G basis). Eerst echter wordt gevraagd de input te saven als dat nog niet gedaan is. De velden Link0 Commands en Title in het Gaussian Calculation Setup window zijn beschrijfbaar. Eventueel kan de .gjf file met de hand bijgewerkt worden met Notepad/Kladblok dat geopend wordt na aanklikken van Edit.

Onderin het Calculation Setup window is een veld additional keywords. Hier kunnen keywords gespecificeerd worden die in de `route section' (regels beginnend met #) van het .gjf file terecht komen. Het keyword pop=full geeft aan dat Gaussian alle moleculaire orbitals in het .log file zet. Dit keyword kan in dit veld ingevoerd worden.